BLAST

Kasia M |

Grupa programów służąca do porównywania sekwencji białkowych i genomowych, wyszukiwania podobieństw między nimi.

BLAST ( ang. Basic Local Alignment Search Tool) to grupa programów, które towarzyszą białkowym i genomowym bazom danych. Ich zadaniem jest porównywanie sekwencji genomowych i białkowych oraz wyszukiwanie podobieństw między nimi.
Programy z tej grupy jako informację wejściową wykorzystują dane zgromadzone przez użytkownika i następnie przeszukują bazę NCBI ( www.ncbi.nih.gov )

Istnieje kilka odmian programu BLAST. Różnica polega na typie analizowanych sekwencji oraz wykorzystywanymi bazami danych.

Najpopularniejsze programy z grupy BLAST to:
- TBLASTX - służy do porównywania sekwencji białkowych z bazą danych sekwencji nukleotydowych (stosowana w szczególnych sytuacjach)
- TBLASTN - służy do porównywania sekwencji białkowych z bazą danych sekwencji nukleotydowych
- BLASTX- służy do porównywania sekwencji z bazą danych sekwencji białkowych
- BLASTN - służy do porównywania sekwencji z bazą danych sekwencji nukleotydowych

Narzędzia BLAST są szczególnie wykorzystywane jako początkowy etap analizy teoretycznej w dziedzinie bioinformatyki.