RAPD

Adrianna |

jest to metoda losowej amplifikacji polimorficznych fragmentów DNA, wykorzystywana w analizie podobieństwa szczepów drobnoustrojów.

W metodzie tej stosuje się jeden losowo dodany starter oligonukleotydowy (10 lub 20 nukleotydowy, o dużej ilości zasad G i C).

Dwa pierwsze cykle amplifikacji przeprowadza się w stosunkowo niskiej temperaturze przyłączania startera (Ta = 35-450C), co umożliwia hybrydyzację startera do sekwencji matrycowych, nie będących w 100% homologicznymi.
Kolejne cykle amplifikacji (ok. 30-40) zachodzą przy właściwej dla startera Ta.

Ponieważ DNA różnych szczepów różni się między sobą, po rozdzieleniu na żelu uzyska się wzór prążków charakterystycznych dla każdego ze szczepów analizowanych.
Podobieństwo wzorów uzyskanych w tym teście pozwala na ocenę pokrewieństwa badanych szczepów.